豌豆和根瘤菌之间的共生是很挑对象的一件事:不是任意一株根瘤菌都能在任何一份豌豆材料上结瘤。植物靠受体识别细菌分泌的结瘤因子(Nod factor),对得上才让细菌从根毛进入、形成固氮根瘤。2026 年发表在《Transgenic Research》上的一项工作,用 CRISPR-Cas9 敲除豌豆的 PsLykX 基因,敲除后的根完全不能结瘤——这为「PsLykX 就是那个被找了几十年的 Sym2 基因」提供了功能层面的直接证据。
这项研究用的是发根农杆菌介导的毛状根转化体系,编辑过的根要用荧光筛选挑出来,再做测序确认与接瘤实验。毛状根筛选这一步用的就是便携式双波长荧光蛋白激发光源 LUYOR-3415RG。这篇就顺着这个实验链条讲清楚:这类共生固氮的基因编辑实验,为什么卡在毛状根筛选这一步,以及这一步该怎么做得又快又不伤材料。
豌豆的 Sym2 基因很早就通过表型被描述,但一直没被克隆。它有不同的等位形式,决定共生特异性的宽窄:携带 Sym2A 等位型(多来自阿富汗及中东材料)的豌豆,要求根瘤菌的 Nod factor 有额外的乙酰化修饰才能成功侵染;Sym2E 等位型(欧洲材料)则没这个要求。人们据此推测 Sym2 编码的是一个 Nod factor 受体。
PsLykX 属于 LysM 类受体激酶(LysM-RLK)基因家族,其等位状态与共生特异性高度吻合,因此被当作 Sym2 的强候选。2019 年 ARRIAM 与圣彼得堡国立大学的团队在 VIR 种质库里又找到一批窄特异性的中东豌豆材料,发现它们的 LykX 要么与阿富汗材料同型,要么带第二个等位型——后者与欧洲型只差一个单核苷酸导致的氨基酸替换(R75P)。相关性很强,但一直缺遗传学证据。
| 时间 | 进展 | 证据类型 | 还缺什么 |
|---|---|---|---|
| 早期遗传学 | Sym2 位点决定共生特异性宽窄,Sym2A 要求 Nod factor 乙酰化 | 表型与等位测验 | 基因未被克隆 |
| 候选基因阶段 | PsLykX(LysM-RLK)等位状态与特异性吻合 | 序列与等位关联 | 只有相关性,无功能证据 |
| 2019 | VIR 种质库中发现新的 Sym2A 来源,LykX 出现第二个等位型(R75P) | 等位多样性与表型 | 仍无敲除功能验证 |
| 2026 | CRISPR-Cas9 敲除 Caméor 的 PsLykX,编辑根失去结瘤能力 | 基因编辑功能验证 | Sym2 与 PsLykX 的等同关系还需更多等位与菌种组合验证 |
这套实验的巧妙之处在于绕开了豌豆稳定转化难的瓶颈:用发根农杆菌诱导毛状根,在根里做编辑,得到的是「地上部野生型、根系转基因」的复合植株。这样既能拿到编辑根,又不必走完整的再生流程。
| 环节 | 做法 | 目的 |
|---|---|---|
| 转化 | 发根农杆菌介导毛状根转化,载体同时带 CRISPR-Cas9 与荧光标记表达盒 | 在根中产生编辑事件,并用荧光标记区分转基因根 |
| 阳性根筛选 | 便携式双波长激发光源观察荧光,阳性根保留、阴性根剔除 | 排除未转化的根,避免后面的统计被稀释 |
| 编辑确认 | 对荧光阳性根测序,确认靶位点确实发生编辑 | 区分「转进去了」和「编辑成功了」 |
| 表型观察 | 接种 Rhizobium ruizarguesonis RCAM1026,统计结瘤 | 回答基因是否必需 |
结果是明确的:测序确认有编辑事件的根,失去了形成根瘤的能力。也就是说 PsLykX 对「Caméor 与 RCAM1026」这一组合的共生是必需的。
毛状根转化有三个特点,决定了筛选必须做、而且必须做得早:
一是一株多根、真假混杂。同一株复合植株上会同时长出转化根和未转化根,外观几乎分不出来。不筛就整株拿去做表型,编辑根的信号会被大量野生型根稀释甚至掩盖。
二是材料宝贵。做一次转化要几周,每个根都是后续测序和接瘤实验的样本来源,剪下来做 PCR 就意味着这根不能继续用。
三是时效性。根在长,接种窗口有限,筛选拖一天,后面的实验排期全部顺延。
这三条合起来,要求筛选手段同时满足:不破坏材料、通量够、当场出结果。
| 方式 | 是否破坏材料 | 出结果速度 | 通量 | 能区分什么 | 局限 |
|---|---|---|---|---|---|
| PCR/测序逐根验 | 需取样,根被破坏 | 数小时至数天 | 低 | 是否转入、是否编辑 | 成本高,阳性根已被消耗 |
| 荧光显微镜观察 | 通常需制片或取段 | 中等 | 低,需逐个对焦 | 是否表达荧光标记 | 设备固定、通量受限 |
| 便携激发光源(LUYOR-3415RG) | 否,活体整株照 | 当场,秒级 | 高,150mm 处一次照 180mm 直径 | 是否表达荧光标记 | 只判标记表达,不判编辑事件 |
三者的关系不是替代而是分层:荧光筛选负责「把阳性根挑出来并保留活体」,测序负责「确认这根到底有没有编辑成功」。用激发光源做完初筛,只把阳性根送去测序,实验成本和时间都能降下来。
3415RG 是一台双波长激发光源:机身两个开关,分别切换两种激发波段。标准配置是 RB 宝蓝(440-460 nm)配 GR 绿光(510-540 nm),正好对应实验里常见的两类标记——绿色荧光蛋白(GFP、eGFP)和红色荧光蛋白(DsRed、tdTomato、mCherry)。对共生固氮这类常同时跑多个载体、多个标记的实验,一台灯来回切,比备两台单波长灯省事。
| 光源代号 | 激发光 | 滤色片(发射) | 可观察 |
|---|---|---|---|
| R(宝蓝) | 440-460 nm | 500 nm | GFP、eGFP、荧光素 |
| C | 490-515 nm | 550 nm | YFP、Venus、荧光黄 |
| G(绿光) | 510-540 nm | 600 nm | DsRed、tdTomato、mCherry |
| V(紫光) | 400-415 nm | 460 nm | CFP、BFP |
| U(紫外) | 360-380 nm | 415 nm | DAPI、Hoechst |
波段是出厂时装配固定的,从五种里选两种,下单时按你要看的两种荧光蛋白确定组合即可,不用自己换算波长。硬件参数上,单波段 6 颗 3W LED、双波段共 12 颗,总功率 27 W,距灯 150 mm 处照射直径 180 mm,净重 0.9 kg,灯体 180x200 mm,充电电池供电,LED 寿命 50000 小时,标配含 LUV-30A 与 LUV-50A 观察眼镜,可另配支架和拍照滤镜。
这些参数落到毛状根筛选上有三个实际意义:一是照射面积够大,一株幼苗的根系基本一次照全,不用逐段挪灯;二是手持 0.9 kg,可以在培养箱、温室、超净台边走边筛,不必把材料搬来搬去;三是电池供电配支架,能连续筛大批量样品。
| 步骤 | 动作 | 参数与要点 | 输出 |
|---|---|---|---|
| 1 遮光 | 拉帘、关顶灯或使用随机遮光布,尽量降低环境光 | 环境光越低,反差越好 | — |
| 2 选波段 | 按载体标记切换开关:GFP 用 RB,DsRed/mCherry 用 GR | 两个开关,切换不用换灯 | — |
| 3 戴眼镜 | 戴对应滤色观察眼镜(标配 LUV-30A/LUV-50A) | 眼镜与波段配错会直接漏判 | — |
| 4 定位 | 灯头距材料约 150 mm,覆盖整个根系 | 太远信号弱,太近照不全 | — |
| 5 判读与标记 | 整根均匀发亮的判阳性,仅局部亮或边界模糊的记疑点 | 换角度复核,排除反光与虚影 | 阳性根挂牌/拍照 |
| 6 留证与送检 | 拍照存档,阳性根取样送测序确认编辑事件 | 照片要带编号与日期 | 实验记录+测序样本 |
荧光筛选看着简单,翻车点其实很集中:
| 现象 | 常见原因 | 对策 |
|---|---|---|
| 整片根都发红 | 叶绿素等在绿光激发下的自发荧光 | 以未转化根做阴性对照,靠滤色片与观察眼镜压背景;根部材料尽量避光培养 |
| 信号忽强忽弱 | 距离或角度变化、光斑边缘 | 固定 150 mm 左右距离,把根放在光斑中心区域 |
| 该亮的根不亮 | 眼镜与波段配错、遮光不足、标记表达弱 | 先照已知阳性对照验证链路;表达弱时用支架延长观察时间 |
| 拍照颜色与肉眼不符 | 相机白平衡与滤镜不匹配 | 用配套的 LUV 系列拍照滤镜(67 mm 直装单反/手机滤镜) |
| 亮但测序无编辑 | 只转入未编辑 | 属正常现象,荧光筛选不替代测序,按步骤 6 处理 |
这句话值得写进实验记录:荧光阳性证明的是「标记表达盒转进去了」,不等于靶位点发生了编辑。2026 年那篇之所以能下结论,是因为编辑根还经过了测序确认。激发光源解决的是初筛通量和材料存活问题,编辑确认仍然靠测序,分工不能混。
反过来说,也不能因为「反正要测序」就跳过荧光筛选。一根根测序的成本和时间,远高于先照一遍再送阳性根;而且测序要取样,被取样的根就没法继续做接瘤表型了。
3415RG 在豆科共生固氮与毛状根体系里的使用,公开文献里有多篇可查(厂家资料整理):
| 研究 | 物种与体系 | 荧光标记 | 用途 |
|---|---|---|---|
| Nature Plants 2025(Ren 等,大豆 BTSa-NSP1 铁信号与结瘤) | 大豆毛状根 | GFP | 阳性转基因毛状根筛选 |
| Nature Communications 2024(Qiao 等,花生间作与固氮) | 花生根系定殖 | GFP(440/500 nm) | 观察标记菌株在根表的定殖 |
| Antioxidants 2023(不结球白菜 BcWRKY22 耐热) | 白菜毛状根 | GFP | 确认过表达根系是否获得 |
| Agronomy 2023(二色补血草 CRISPR 体系建立) | 补血草毛状根 | DsRed2 | 观察根系红色荧光筛选转化体 |
| PNAS 2026(杠柳强心苷合成途径) | 杠柳毛状根 | DsRed | RNAi 阳性毛状根筛选 |
2026 年这篇豌豆 PsLykX 的工作,是这套做法在共生特异性受体基因上的一次应用:先用荧光把转基因根挑出来,再用测序锁定编辑事件,然后看结瘤表型。
| 型号 | 形态与波段 | 适用场景 |
|---|---|---|
| LUYOR-3415RG | 手持双波长,RB+GR 标配 | 整株、根系、种子、田间的 GFP/DsRed 快速筛选 |
| LUYOR-3421 | 台式 | 培养皿、孔板、菌落等台面上的批量观察 |
| LUYOR-3124RB/3260RB | 手持单波长(宝蓝) | 只做 GFP 单一标记,追求轻便 |
| LUYOR-3280 | 手持单波长,可换模块 | 标记种类单一但波段特殊 |
选型的判断依据其实只有两条:一是一台灯要不要同时看两种颜色的标记,二是主要照整株活体还是台面上的小样品。两条都清楚,型号就定了。
从候选基因的等位关联,到 CRISPR 敲除后的功能证据,豌豆 Sym2 这个问题被推进了一大步;而支撑这类实验的日常环节,往往就是「把阳性根挑出来」这么一件具体的事。工具选对了,这一步从几天变成几分钟,材料还完整保留。
更多关于毛状根与转基因筛选的做法,可以看这两篇:悬钩子免组培毛状根转化:eGFP 阳性根怎么快速筛查、LUYOR-3415RG 的六类荧光观察场景;激发光源的完整选型在 GFP 荧光蛋白激发光源栏目。如果你的实验涉及多个荧光标记、或者需要同时照根系和种子,把标记类型和样品形态告诉我们,可以一起把波段组合和支架配置定下来。